Le village de Villegongis est situé dans le département de l’Indre, en région Centre-Val de Loire.
Au 1er janvier 2024, Villegongis est catégorisée commune rurale à habitat dispersé, selon la nouvelle grille communale de densité définie par l’Insee. La commune fait partie de l’aire d’attraction de Châteauroux, dont elle est une commune de la couronne, à une distance de 14 kilomètres. Elle fait partie de la région naturelle de la Champagne berrichonne.
Le village est un bourg castral : il s’est formé autour du château de Villegongis construit au XIe siècle.